クラスメイトに内緒で深い友情を育む二人の少女、来栖川姫子と姫宮千鐘は、ある日突然、太陽と月の巫女となる運命に直面する。彼らの共通の誕生日に不気味な月食が起こると、彼らは地球の完全な滅亡を望むオロチとその軍勢との激しい戦いを余儀なくされる。しかし、それほど単純ではありません。姫子は千鐘と、オロチの「首」の一人、大神ソウマに感情を抱いている。大神ソウマは何らかの代償を払ってではあるが闇の呼び声に抵抗する能力を持っている。これらの人々があらかじめ定められた役割を生きることを学ぶと何が起こるでしょうか?