時は1999年。長野・松代に日本のピラミッド、私立ヴォルツシュタイン学園が建つ。この場所は、敷地内でオカルト現象が繰り返されることで有名です。そのため、オカルトアカデミーとも呼ばれています。学部長はオカルトの研究に熱心に取り組んでおり、生徒たちは日々の学業に熱心に取り組んでいます。ある日、学部長が亡くなり、オカルト嫌いの娘・神代マヤが学園を訪れる。そこで彼女は、2012年から来た自称スプーン曲げの「タイムエージェント」内田文明と出会う。二人が学園内で様々な怪奇現象に遭遇するうちに、文昭が1999年にタイムスリップした理由が明らかになる。
