物語の舞台となるのは、モンスターと、その名の通りモンスターを狩るモンスターハンターと呼ばれる冒険者があふれる架空の世界です。このプロットは、子供の頃にグレリという名前のモンスターハンターに見習いとして引き取られた若いモンスターハンター、シキを中心に展開します。火薬事件によるグレリの死から数年後、彼はギルドに加わるために主人の住居であるアカマアヤタウンに戻ってきた。そのギルドで彼はイリエという少女に出会い、一連の出来事の後、彼女がマスターの娘であることを知ります。この時点から、彼らはグレリの生涯の野望であった伝説のミオガルナを見つけるためにパーティーを結成します。